（一）辦公室（組織人事科）。負責機關日常運轉，承擔信息、保密、檔案、信訪、宣傳、系統安全、政務公開、水利科技與績效管理等工作。督促檢查水利重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實情況。負責機關并指導所屬單位的機構編制、人事人才、隊伍建設、勞動工資、教育培訓等工作。負責離退休干部工作。

（二）財務審計科。指導水利系統財務會計和內部審計工作;負責編制市級水利部門預算并監督執行;負責市級水利資金的使用及監督管理;指導水利行業國有資產的監督管理工作;提出有關水利價格、收費、信貸的建議;負責系統經濟;負責機關和所屬單位財務管理、內部審計和所屬單位領導干部的任期經濟責任審計工作。

（三）水政水資源科（市節約用水辦公室）。組織起草水利規范性文件草案，負責規范性文件的合法性審查、備案并監督實施;負責法治水利建設和依法行政工作;負責行政執法工作;承辦局行政復議、行政訴訟和行政賠償工作;負責水利系統法治宣傳教育和普法宣傳工作;組織指導有關防洪論證工作;負責洪水影響類評價、取水許可、生產建設項目水土保持方案、河道采砂及管理范圍內從事有關活動、水利項目設計文件審查等行政審批工作，并限時辦結。指導流域和區域骨干河道、湖泊、水庫及河口的開發;組織指導河湖水生態保護與修復以及河湖水系連通工作。承擔實施最嚴格水資源管理制度相關工作，組織指導開展水資源有償使用工作;組織編制水資源承載能力監測預警工作;組織編制并發布市水資源公報;指導水量分配工作并監督實施，指導河湖生態流量水量管理;組織編制水資源保護規劃，指導飲用水水源保護有關工作，按規定核準飲用水源地設置;負責地下水開發利用和地下水資源管理和保護;參與編制水功能區劃和指導.入河排污口設置管理工作;指導水利行業供水、排水、污水處理工作;指導雨洪資源利用的工程建設與管理;組織編制并協調實施節約用水規劃，擬定行業用水標準并監督實施;組織實施計劃用水、節約用水工作;組織實施用水總量、用水效率控制和定額管理制度;組織實施全市節水型社會建設工作;會同相關部門指導農業節水工作。指導城市污水處理回用等非常規水源開發利用工作。

（四）規劃建設科（市水利工程監督科）。擬定全市水利發展規劃，組織或配合編制流域(區域)水利綜合規劃、專業規劃、專項規劃并監督實施，參與縣級邊界水利規劃協調;負責全市水利重點工程投資計劃的綜合平衡;擬定市級水利固定資產投資計劃;組織編制重點水利建設項目建議書、可行性研究報告;組織實施市水利建設投資計劃，承擔水利基建統計工作;指導市水利重點項目的初步設計及概算。指導流域和區域骨干河道、湖泊、水庫及河口的治理。指導實施全市水利基本建設管理工作，負責市重點水利工程建設項目法人及招投標活動的管理;按規定負責市重點水利工程建設的驗收;指導水利建設市場的監督管理和水利建設市場信用體系建設。組織實施水利工程質量和安全監督;承擔水利行業安全生產監督管理工作;組織或參與制定水利行業安全管理規程規范;指導局屬水利工程管理單位、生產經營類單位和重點建設項目的安全監管;依法組織或參與水利安全生產事故的調查處理。

（五）工程管理科。指導全市水利設施的管理、保護和綜合利用;指導水旱災害防御和水量調度工作;負責市屬水利工程的運行管理;組織編制水利工程運行調度規程，指導水庫、泵站、堤防、水閘、水電站等水利工程的運行管理;按規定指導水能資源開發工作。組織指導全市水域及其岸線的管理和保護;會同相關部門組織實施全市河湖保護規劃編制工作。組織實施水利移民工作;承擔水利工程移民管理和后期扶持工作，組織實施水利工程移民安置驗收、監督評估等制度，初步審查、上報水利工程移民安置規劃，指導水利工程移民區和安置區的基礎設施建設工作;組織開展新增水庫移民后期扶持人口核定。

（六）農村水利與水土保持科。組織開展灌排工程建設與改造;組織指導農村飲水安全、鄉鎮供排水、農村河道疏浚整治等工程建設管理工作，組織指導節水灌溉有關工作;組織指導農村水利改革創新。組織指導基層水利服務體系建設和農村水利社會化服務體系。組織指導全市水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持規劃并監督實施，負責水土流失監測、公告。組織指導“水美鄉村”建設工作。

（七）河湖長制工作科。承擔市河湖長制辦公室的日常工作;組織擬訂推行河湖長制工作制度，編制工作計劃和考核目標;向市級河湖長提出工作建議，落實市級河湖長確定的事項;對河湖長制工作落實情況進行檢查、督察、考核;協調督導河湖長制工作重點事項和問題;組織擬訂推行河湖長制有關政策、制度。指導退圩還湖工作。指導水利風景區的建設與管理工作。