（一）辦公室

負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案、電子政務、安全保衛、行政后勤服務等機關日常運轉工作；承擔政務信息、信訪、議案、建議、提案、保密和政府信息公開等工作；負責機關及所屬單位的黨群、機構編制、隊伍建設和離退休等工作；承擔機關和下屬單位重要事項的組織和督查工作；受理群眾舉報、投訴并監督辦理。

（二）法制與宣教科

負責機關推進依法行政綜合工作；開展環境保護領域綜合性問題的調研，牽頭起草有關規范性文件；負責行政執法工作的監督、指導和協調；承辦行政應訴、規范性文件的合法性審核與備案等事項；綜合協調行政許可事項，負責行政事業性收費項目和標準的申報工作；擬訂實施環境保護宣傳教育工作規劃；組織社會各界廣泛開展環境保護宣傳活動，推動公眾和非政府組織參與環境保護；指導全市鄉鎮環保隊伍建設。

（三）行政服務科

集中受理涉及環境保護許可事項，負責駐行政服務中心窗口的運行管理；負責行政許可政策、法規的咨詢和窗口宣傳工作；負責行政許可業務資料、檔案的收集、歸檔；對建設項目環境保護“三同時”情況進行督促檢查、核準驗收；監督管理環境影響評價機構資質和職業資格；提出區域限批、流域限批和行業限批建議并組織實施；負責環境影響后評價工作。流程業務接受法制與宣傳科指導。

（四）綜合計劃科（掛“環境監測科”牌子）

參與編制國民經濟與社會發展規劃；編制環境功能區劃、環境保護規劃；協調審核環境保護專項規劃，編制地表水環境功能區劃、流域環境保護規劃；提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、財政性資金安排建議；負責自然生態保護工作。編制實施重要生態功能區保護規劃；協調生物多樣性保護、生物遺傳資源保護、農村生態環境保護工作；開展生態環境質量狀況評估，指導和協調生態創建工作；監督生物技術環境安全；開展農村環境保護綜合整治工作；發布全市環境狀況公報；調查評估全市環境質量狀況并進行預測預警，建設和管理全市環境監測網；承擔環境統計工作；負責環境保護社會表彰工作；具體承辦市長環保目標責任制的考核工作。

（五）環境管理科（掛“污染物排放總量控制科”牌子）

實施主要污染物排放總量控制、排污許可證制度，擬訂污染物總量控制和減排計劃，考核總量減排情況；開展排污權交易；監管水體、大氣、噪聲、光、惡臭、固體廢物及機動車等污染；實施跨市（縣）界水體斷面水質考核，開展環境資源區域補償工作；開展強制性清潔生產審核工作；擬訂實施污染防治規劃；實施環境綜合整治定量考核；承擔太湖流域水環境質量管理和水污染防治相關工作；負責對全市范圍內的化學毒品、有害廢物的監督管理及越境轉移管理工作。

（六）核與輻射安全監督管理科

承擔核與輻射安全的管理工作。監督管理核設施、核技術應用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。參與核事故、負責放射性廢棄物管理和輻射事故應急工作。

另按規定設置紀檢監察機構。