市供銷合作總社機關設5個內設機構，規格均為正股級。

（一）辦公室。負責市總社機關的綜合性管理工作，協調機關內外部的工作關系，擬訂市總社主要工作計劃、工作制度和重要文稿；協助市總社領導處理日常工作，負責重要事項的查辦和督辦；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔新聞宣傳、精神文明建設、政（社）務公開、信息、信訪、保密、史志編纂等工作；負責機關辦公自動化及計算機設備日常維護管理工作；負責機關來人接待、安全保衛、辦公用品、辦公用房及食堂管理等后勤保障和節能減排工作。

（二）組織人事科。負責市總社黨委黨建、紀檢監察等工作；負責總社機關及下屬事業單位機構編制、人力資源管理、干部教育培訓工作；負責勞動人事、勞動工資、社會保障、職稱評定和人事檔案管理工作；做好社管干部的培養、選拔、考察、考核等日常管理；承辦市總社機關內部年度考核、評比、獎懲；負責系統離退休人員的審核報批、管理服務等工作；承辦全市供銷合作社代表大會及其理事會、監事會的有關組織人事工作。

（三）財務審計科。貫徹執行財政、稅務、金融等有關政策法規，負責市總社部門預決算資金的編制和預算執行管理；負責編報系統財務會計報表，編寫財務分析、趨勢預測；指導系統財務、會計、審計工作和考核工作；負責對社有全資、參控股企業的單位資產審計監督和重大財務收支、經濟效益的審計調查工作；指導系統財會、內部審計和財務審計人員培訓工作；組織系統“新網工程”及供銷社改革發展專項資金申報和評審考核；負責機關日常財務管理工作。

（四）合作事業科（經濟發展科）。負責擬訂系統發展規劃及年度工作計劃并組織實施；組織指導新農村現代流通網絡建設、系統電子商務建設；推動系統開展土地托管等多種形式的農業社會化服務，提出政策支持建議；承擔系統綜合業績考核工作；負責系統統計、外事、經貿工作；承擔對市供銷合作總社主管社團的組織協調、業務指導和監督管理等工作；負責對重要農業生產資料、重要農產品及其他商品的生產、經營、儲備進行組織、協調和管理。組織指導基層社、綜合服務社建設，引導成員社發展農民專業合作聯合社、以農民為主體的綜合性合作社、現代農業綜合服務中心；參與發展農村合作金融服務；負責系統農產品市場建設及產銷對接、農產品經紀人隊伍建設；統一推廣使用和規范管理中國供銷合作社標識。

（五）資產管理科。負責擬訂社有資產重組保值增值考核、激勵和責任追究制度，并負責監督落實；承擔市級社有產權、股權和債權的管理工作；擬訂社有資產重組、整合的指導意見；負責市級投資項目的可行性研究和論證；負責系統項目投資管理、質量安全；管理市級投資企業，促進企業轉型升級，健全現代企業制度；負責市級投資企業負責人的經營考核工作；指導系統社有企業轉型升級、創新發展工作。

監事會辦公室。承擔市供銷合作總社監事會的日常工作，指導基層社監事會工作。